교육인적자원부는 지방자치단체의 각급학교에 대한 교육재정지원 확대를 유도하고, 지역의 교육격차 해소 노력을 지원하기 위하여 ‘06년도 특별교부금(지역교육현안사업) 800억원을 16개 시·도 교육청에 차등 교부하기로 하였다.
시·도 교육청별 지원액은 기초자치단체의 각급 학교에 대한 최근 4년간(‘02년~’05년) 교육경비보조실적과 재정자립도를 기준으로 산정하였으며, 88개 군 지역에서 전라남도 해남군이, 77개 시 지역에서는 경기도 의왕시가, 69개 구 지역에서는 서울특별시 노원구가 각각 최우수 교육경비보조 기초자치단체로 나타났다.
이에 따라 경기도교육청에 204억원, 전라남도교육청 125억원, 강원도교육청 94억원, 서울특별시교육청 78억원, 경상남도교육청에 68억원 순으로 특별교부금을 차등 교부하였다.
기초자치단체의 각급학교에 대한 교육경비보조는 시·군및자치구의교육경비보조에관한규정이 제정(‘96.4.19, 대통령령 제14981호)된 이래, 2002년에 1,004억원, 2003년에 1,526억원, 2004년에 2,039억원, 2005년에 2,515억원으로 꾸준히 확대되어 지역의 교육여건개선에 크게 기여하고 있다.
지방자치단체의 교육경비보조 주요우수사례를 살펴보면 전라남도 해남군은 재정자립도가 11.3%(최근 4년간 평균 재정자립도)로 2002년부터 2005년까지 4년 동안에 43억원의 교육경비를 보조하여 교육여건개선에 크게 기여하고 있다
또한 해남군장학사업기금조성및운용조례를 제정하여 인재양성제도의 틀을 마련하고, 교육지원전담부서를 설치·운영하고 있으며, 해남군교육발전협의회를 구성(군수, 교육장, 지역인사, 교육계인사 등 30여명)하여 교육청과 고등학교에 대한 예산사업의 타당성 및 성과분석 등을 협의하는 등 예산지원기구로 활용하고 있다.
경기도 군포시는 관내 39개 모든 학교에 2005년에 17억원을 지원하여 원어민교사를 배치토록 함으로써 체험식 영어교육을 강화하고 사교육비를 절감하는데 기여하고 있고,
전라북도 남원시는 관내 초·중학교에 2002년부터 4년간 34억원을 지원하여 학생 급식과 초등학교 특별활동, 도서관 도서구입 및 교육환경개선 등에 기여하고 있으며,
서울특별시는 초·중·고등학교 266개교에 2003년~2005년간 385억원을 지원하여 친환경학교 조성을 위한 학교녹화(공원화)사업을 통해 학생에게 정서함양과 지역 주민에게는 휴식공간을 제공하고 있다.(‘06년, 214개교에 260억원 지원계획)
시·도교육청별 교부액의 50% 이상은 특별교부금 교부액 산정시 높은 순위를 받은 기초자치단체가 속한 지역 교육청에 교부토록 하여 해당 지역의 교육환경개선 및 지역주민이 요구하는 교육프로그램운영 등에 사용하도록 함으로써 기초자치단체의 교육재정지원 노력에 따른 혜택이 직접적으로 돌아가도록 하였고, 나머지는 시·도 교육감이 주요 교육현안사업에 사용할 수 있도록 하였다.
한편, 교육인적자원부는 지방교육재정교부금법을 개정하여 광역지방자치단체도 초·중등학교에 교육경비를 직접 지원할 수 있는 근거를 마련할 예정이며, 이에 따라 교육재정규모가 대폭 확대될 것으로 예상된다.